Theo đề án, cơ quan hải quan được giao làm đầu mối trong kiểm tra chất lượng, kiểm tra ATTP đối với hàng hóa nhập khẩu, từ việc tiếp nhận hồ sơ đăng ký, kiểm tra, phương thức kiểm tra...

Với trường hợp hàng hóa phải lấy mẫu để chứng nhận hợp quy/giám định thì việc thực hiện giao cho các đơn vị, tổ chức của cơ quan hải quan được bộ ngành quản lý chỉ định theo lựa chọn của người khai hải quan.

Nếu xác định hàng hóa không đáp ứng yêu cầu về chất lượng, về ATTP, cơ quan hải quan dừng thông quan hàng hóa và thông báo cho các cơ quan, tổ chức liên quan để phối hợp xử lý theo quy định pháp luật.

Việc cải cách áp dụng đồng bộ 3 phương thức kiểm tra cho cả lĩnh vực kiểm tra chất lượng, ATTP nhằm cắt giảm số lô hàng nhập khẩu phải kiểm tra. Mục đích đề án nhằm cải cách toàn diện các quy định về kiểm tra ATTP với hàng nhập, ứng dụng quản lý rủi ro, đơn giản quy trình, thủ tục và đặc biệt giảm chi phí, thời gian thông quan hàng hóa nhập khẩu.